เดิมศูนย์มีการจัดการเรียนเรียนการสอนประกอบไปด้วย 6 ห้องเรียนได้แก่

ห้อง 2/1 ห้อง 2/2
เป็นห้องเรียนที่ช่วยเหลือกระตุ้นพัฒนาการในระยะแรกเริ่ม เพื่อกระตุ้นพัฒนาการด้านร่างกาย การทรงตัวและการเคลื่อนไหว ฝึกทักษะการช่วยเหลือเบื้องต้น เช่น
การขับถ่าย การรับประทาน การฝึกบูรณาการประสาทสัมผัส เพื่อให้นักเรียนได้รับรู้ และเรียนรู้ทักษะต่างๆ อย่างเป็นระบบ

ห้อง 3/1 ห้อง 3/2
เป็นห้องเรียนที่นักเรียนมีความสามารถเบื้องต้น ใช้นิ้วมือและตาประสานสัมพันธ์กันได้ สามารถพอที่จะสื่อสารเพื่อบอกความต้องการง่ายๆ เลียนแบบทักษะง่ายๆ
ได้ เริ่มฟังคำสั่งและปฏิบัติตามไดบ้างเล็กน้อย แต่ยังมีปัญหาทางด้านอารมณ์และพฤติกรรม

ห้อง 3/3
เป็นห้องเรียนสำหรับนักเรียนที่ได้รับการเตรียมพร้อมมาแล้วระดับหนึ่ง สามารถช่วยเหลือตัวเองในการทำกิจวัตรประจำวันต่างๆ ได้แล้ว สามารถเลียนแบบ
และฟังคำสั่งแล้วสามารถปฏิบัติตาม เข้าใจกฎกติกาของสังคมเบื้องต้น และสามารถปรับตัวได้ในระดับหนึ่ง และเริ่มมีการพัฒนาทักษะพื้นฐานทานด้าน
วิชาการเตรียมความพร้อมสู่การฝึกทักษะการดำรงชีวิต และเตรียมความพร้อมสู่การเรียนระดับสูงขึ้น ทั้งนี้ก็ขึ้นอยู่กับความสามารถสูงสุดของแต่ละคน

ห้อง 3/4
เป็นห้องเรียนสำหรับกลุ่มเด็กวัยรุ่นที่เตรียมความพร้อมก่อนกลับไปอยู่บ้านชึ่งกิจกรรมของห้องพีรภัทรจะเป็นการฝึกทักษะการดำรงชีวิต เช่น งานบ้าน
งานสวน การเตรียมความพร้อมพื้นฐานการทำงานง่ายๆ การใช้เวลาว่างให้เป็นประโยชน์ การตะหนักรู้คุณค่าของตนเอง การดูแลสุขภาวะต่างๆ เมื่อต้อง
อยู่บ้าน